信息传递效率低下。很多地区的内部网站建设在思路和功能上仍然停留在实现工作信息的发布和管理上，信息内容更新速度慢，缺乏互动性。尤其是信息提示与通知功能缺乏，这在实际工作中直接影响了涉税通知和公文的发布和传达效率。
网络结构影响信息共享。互联网是网状结构，互联网用户无论身处何地，只要有登录点均可以实现网间任意站点间的互访。而作为税收征管和通信业务主干的税务系统内部网络，则类似树状结构。在税务机关内部网络中，上、下级机关之间可以互相访问，但是同级税务机关之间的网络访问，就会受到一定限制。
信息检索缺少有力工具。目前不少地区税务机关内部网站在设置上缺少强有力的信息检索工具和功能，这使得很多税务干部日常征管中在内部网络查询相关征管数据和征管资料时十分费力，征管信息的网间共享和利用效率非常低。
网站参与性与互动性不足。目前，不少地区税务机关的内部网站除具有信息发布和展示功能外，普遍存在网站缺乏互动性与税务干部参与性不足等问题，其内部交流平台的建设和应用相对匮乏。